“九·一八”事变后，日本侵略者迅速占领东北三省，而东部内蒙古的哲里木、昭乌达、卓索图盟和呼伦贝尔地区也相继沦陷。正在呼伦贝尔进行佛事活动的九世班禅为了避免落入日寇之手，与随从顶风冒雪、昼夜兼程向内锡林郭勒盟转移，1931年10月安全到达苏尼特右旗。
在那里，九世班禅发表了《请安抚蒙民通电》，指出“东省沦陷，深盼国家决计恢复，誓共图存，以固疆土”。“临患不忘国，忠也。”九世班禅以其言行，在中华民族最危险的时候，坚决反对日本侵略者，不愧为一位深明大义、不计个人得失的伟大爱国者。
爱国爱教 宣传抗日
英帝国主义挑拨离间，造成十三世达赖与九世班禅的矛盾。1923年，九世班禅从西藏到达内地后，日本帝国主义就开始极力拉拢。曾在十九世纪末和二十世纪初先后两次入藏的日本僧人河口慧海就曾3次会见九世班禅，探询他是否有意访日。1933年初，日本还安排人员两次谒见九世班禅，7月、11月又要求九世班禅将其收为弟子，随行“学法”。
面对日寇入侵，班禅大师不仅多次强调西藏是中国领土不可分割的一部分，而且严词拒绝日方拉拢，在边疆地区宣传抗日爱国精神。
1926年，九世班禅应东蒙古各旗王公的邀请，前往沈阳。从1927年4月到1931年初，九世班禅大师一直在蒙古各地举行佛事活动。
1931年5月初，九世班禅抵达南京。他在国民会议上致祝词：“……伏望诸公宏纾传议，整顿边疆，本总理经济弱扶倾之训，巩固国家主权领土之基，重张上国之声威。”接着，他又参加了在南京召开的“新亚细亚学会第三次大会”，发表《西藏是中国领土》的讲演。班禅明确表现出维护祖国统一、民族团结的爱国主义思想。
同年7月1日，国民政府册封班禅为“护国宣化广慧大师”，当时的国民政府主席蒋介石宣读了册封令。册封典礼在南京国民政府礼堂举行，蒋介石亲授玉册、玉印。
深明大义 振臂疾呼
不久，班禅又应呼伦贝尔副都统凌升邀请，离开南京到蒙古海拉尔等地，为广大僧俗群众讲经、摸顶。
班禅在内蒙古东部哲理木盟、呼伦贝尔地区进行佛事活动时，向各地群众宣化民族团结、同舟共济、御侮图存大义，安抚了民心，深得各族人民的敬爱。
1931年，侵占东北后，日本侵略者将魔掌伸向内蒙古西部地区。特务在蒙古王公和群众中散布流言，挑拨离间，引起各盟旗蒙古王公、民众的惴惴不安。班禅从呼伦贝尔至锡林郭勒盟的途中，目睹这种情状，深感国难日亟，边事危机。所以他每到一地，都尽力宣传团结御侮之大义，并与寺院喇嘛共同唪经、祈祷，希望中央速筹良策，以免蒙旗遭受日本铁蹄践踏。
在此多事之秋，国民政府也寄希望于正在东蒙地区宣化的九世班禅。
10月13日，蒙藏委员会委员长致电班禅：“沈变（“九·一八”事变）发生，时以为念，现在国事危急，满蒙接近强敌，务盼切实劝导，使边地人民均知拥护中央，以图自救，万勿受人利用。”
同日，考试院院长戴传贤也致电班禅：“大师爱国爱民，务恳对于满蒙各同胞切实教导，使知拥护中央，造成真正统一，为自救救国之要道。”这些电文说明，班禅一贯深明大义、爱国爱教，他维护祖国统一和民族团结的政治主张，为社会各界所共知和倚重，在危急关头，中央政府期待他分忧解难。
1932年3月4日，班禅发表《请安抚蒙民通电》：
“沈阳事变，正班禅拟南来之际，乃倭寇猖獗，得寸进尺，甚至多方离间，广散流言，以期逞其野心……当此国难，凡属人民，亦宜奋起……”
同年春，日本侵略者策划进军占领察哈尔、绥远两省，西蒙危在旦夕。这时乌兰察布盟长兼达尔罕旗札萨克云亲王再次邀请班禅去宣法。班禅抵百灵庙后，召集蒙藏僧尼千余人举行大法会，为在榆热前线抗击日本侵略的将士争取胜利而祈祷。
此次宣化大会的情形，班禅向中央致电报告说：“近闻暴日不顾公理，蔑视盟约，仗其武力，攻我榆热，揆彼用心，无非欲实现大陆政策之阴谋。现我军民时至忍无可忍，官兵义师前仆后继，为自卫而抵抗，为正义而舍生，救国热忱，中外皆钦。班等宣讲国难中应尽天职，化彼惶恐观望之心理，实行团结，共赴国难。”
这份电报被称为向国民党政府发布的《抗日通电》。
班禅在百灵庙宣化抗日的爱国举动，受到国民政府的肯定。
班禅同时向中央提出，现百灵庙在活动举行“蒙古自治会议”，希望中央能妥善解决。他此后将赴苏尼特右旗“与德王面一切”。
御辱图存 维护统一
1933年7月，德王在百灵庙召开第一次“蒙古自治会议”。因锡、乌两盟王公多抱观望态度，9月，德王又在百灵庙举行第二次“蒙古高度自治”会议，他“为了借助班禅的势力，影响各地的王公能前去参加这次‘自治会议’，便特地邀请班禅由锡盟前来百灵庙居住，并为他兴建班禅行宫一座”。
此间，潜伏在德王旗珠日和庙里冒充僧人的日本特务，利用德王发动“蒙古自治”的野心，对德王提出“应与日本合作进行”。
绥远省和中央得悉此次“自治”运动幕后有日本人操作控制，对所谓“内蒙自治”的性质引起警惕，怀疑它是分裂运动或是傀儡运动。于是，国民党政府派遣内政部长黄绍竑、蒙藏委员会委员长赵丕廉前去宣导。
在黄、赵大员未达之前，班禅为防止“蒙古自治”运动被日本侵略者利用，于10月25日在百灵庙召见参加“蒙古自治”会议的王公，并发表谈话，他说：“首都中央所派大员黄、赵二氏，尚未到达之前，本人极望诸位少安，以待此次诸位所集讨之自治，以范围无论如何不能超出地方自治以外，而此种自治，须受中央之扶持与若干制度之限制也，然后蒙人方能享受到自治直正之益。”
班禅等发表谈话后，在蒙古王公中产生了很大反响。在各方面的合力呼应下，日本此次图谋与德王“合作”分离蒙古的阴谋即告破产。班禅在反对分裂内蒙古的斗争中所作出的贡献，得到了中央政府和社会各界的高度肯定。
1935年1月27日，应阿拉善旗札萨克亲王达理扎雅的邀请，班禅抵达定远营（阿拉善王府所在地）宣化，驻锡延福寺（王爷庙）。阿拉善旗地处贺兰山北麓，是内蒙古与外蒙古、新疆接壤的边陲战略要冲。日本关东军数次派遣军官乘飞机来，要挟阿拉善王公与其“合作”，并要在定远营设特务机关、建军用机场。班禅来后悉此情形，在宣化中谆谆告诫蒙古王公、喇嘛，要警惕日本的侵略阴谋，化导蒙汉民族消除嫌怨，团结一致，御辱图存。
不计得失 顾全大局
1935年4月4日，班禅致函行政院长汪精卫，表示内蒙古宣化事务已经结束，是以决定4月中旬首途赴青，转道回藏。同年9月，国民政府颁布命令，特派诚允为护送班禅回藏专使。1936年底，九世班禅大师一行取道甘南拉卜楞寺到达青海玉树。由于英帝国主义插手、西藏当局阻挠，九世班禅大师返藏受阻。不久，卢沟桥事变爆发，日军大规模侵占华北，内忧外患中，国民政府无暇西顾，令九世班禅大师“暂缓返藏”。
获悉这个消息，大师的心情沉重，他连夜致函给赵守钰专使转呈国民政府蒙藏委员会，其中有这样一段话：“班禅东来十有五载，谬荷中央依界、殊遇优渥，心切五族团结，共安边防，冀报党国于万一，宁愿牺牲个人，力全大局，不愿中央威信陷于堕坠，既遵院令，暂缓西行，以待将来。”
1937年，九世班禅将行辕设在青海玉树大寺的甲拉颇章时，当时日军已侵占了北京、天津、上海等大城市，抗战形势日趋严重，班禅在此发表《告西垂同胞书》，捐献3万元，购公债3万元，并动员行辕全体同仁踊跃捐款，汇集前方，慰劳抗战将士及救济伤兵与难民。并在玉树寺诵经祈祷抗战早日胜利。
班禅大师回藏被阻，悲愤交加，即染重病，于1937年12月1日凌晨圆寂于玉树寺拉加颇章宫中。弥留之际，大师留下了“望吾藏官兵僧俗，本中央五族建国精神，善继余志，以促实现”的遗嘱。国民党政府后来追封他为“护国宣化广慧圆觉大师”。
从1926年至1935年，九世班禅大师在内蒙古活动长达10载。他深明大义，拥戴中央，号召人民共同御侮抗敌，不但公开在百灵庙发表“抗日通电”，而且主动协助中央粉碎日本支持的“蒙古自治”阴谋，是一位坚定的爱国主义者和杰出的社会活动家。
