还不知道宋真宗时期毕士安已经是宰相了，为何还要推荐寇准当宰相?这是因为寇准是朝野上下公认的大才，早在宋太宗时期就出任过参知政事，毕士安觉得自己的才能不如他。
听到毕士安如此强烈推荐，宋真宗便说：“寇准才能是不错，但听说他好刚使气，难以服众。”皇帝话音未落，毕士安马上答道：“寇准为人方正，慷慨有大节，忘身徇国，秉正道而去奸邪，所以与小人势不两立，满朝文武无人能及。今天下之民虽蒙圣恩得以休养生息，可西北党项跳梁小丑蠢蠢欲动，这正是起用寇准的最佳时机。”
在毕士安的一再推荐下，宋真宗终于决定让毕士安和寇准同拜平章事(宰相)。不过毕士安兼监修国史，这是首相的特权。所以寇准还是相当于毕士安的副手。
寇准这边刚刚上任，另一边马上就收到了针对他的举报信。举报人是一个叫申宗古的平民百姓，罪名很严重：与安王赵元杰勾结谋反。一个小老百姓能掌握到亲王和宰相谋反的证据，这事怎么看都让人觉得不靠谱。可是宋真宗竟然决定受理此案，并命人彻查。
寇准虽为人刚正，可面对这种要抄满门的大罪也是惶恐不安。而朝臣们更是对寇准避之不及，唯恐跟他多说一句话会牵连到自己。关键时刻，毕士安再次挺身而出为寇准辩白。
毕士安以宰相身份亲审此案。他命人将申宗古打入大牢，严加审讯。这案子本来就充满矛盾，破绽百出，所以申宗古很快就架不住审讯，将冤枉寇准的事情全部招了出来。作为一名资深老干部，毕士安知道此类案件如果一定要搞个水落石出，势必会拔出萝卜带出泥，引发朝廷动荡。所以他在掌握了案情细节后不再继续深挖，只是将这个喜欢被人当枪使的申宗古一刀砍掉，然后就此结案。如此一来，寇准洗清了冤屈，案件的幕后主使也因被人掌握了证据不再敢肆意妄为。
从此案的处理可以看出，毕士安不仅有识人之明，谦恭之态，而且在处理具体问题时也能考虑全局，面面俱到。
景德二年(1005年11月14日)，毕士安去世，享年六十八岁。宋真宗为表彰其对国家的贡献，追赠太傅、中书令，谥号文简。
