嘉靖四十五年(1566)二月的一天，只听一声巨响，一本奏折被狠狠摔在了地上，这个暴怒之人就是正在批阅奏折的嘉靖皇帝。只见他怒目圆睁，青筋暴起，大声吼道:“赶快把他给我捉拿归案，别让他逃了!”
这时，一位太监战战兢兢地走进来，小合翼翼拾起地上的奏章，发现这个上疏的人是海瑞，当时的户部主事。于是对皇上说他想要捉拿之人根本不想跑，而且连棺材都准备好了，等着皇上赐死呢!皇帝一听，怒气大减。这时他又把那份奏折反复阅读了几遍，渐渐被海瑞的肺腑之言所感动，嘉靖皇帝觉得海瑞的话很真实。
不过，作为皇帝，尊严还是要好好维护的，于是他还是把海瑞捉拿归案，并打了一百大板后关进了大牢。海瑞天生一副傲骨，他为官清廉，刚正不阿，面对地方豪绅、达官贵人，他从来都是平淡对待，从不溜须拍马。这种耿直率真的个性，让他把嘉靖皇帝也当作了批评的对象。海瑞的那封让嘉靖怒发冲冠的奏折上到底写了些什么呢?原来在奏折中，海瑞指出嘉靖40多年的统治里搜刮民脂民膏，大兴土木，搞得民不聊生，怨声载道。海瑞还指出，嘉靖皇帝的年号都让老百姓拿来当歌谣了,他们都大唱“嘉靖者，家家皆净，户户贫困如洗”。这样毫不留情的批评惹得嘉靖皇帝暴跳如雷。
嘉靖皇帝一生感兴趣的事情似乎不多，就只有修道成仙以及改革礼仪这两件事。嘉靖皇帝迷信修仙，为了能够长生不老，他虔诚地修炼。为了修仙，他每年要花费20多万斤黄蜡，10多万斤白蜡，10万斤各种香。嘉靖皇帝对那些炼制仙药的鬼话深信不疑，为了取得“先天真银”，他耗费大量人力、物力、财力，到全国各地开采银矿，据传仙药必须用这种银子做成的银器盛装才有效果。
修道还有另一项相关的花费，那就是得有修道的地方,要花费银两修建修道所用的宫殿。为此，嘉靖皇帝先后修建了泰享殿、大高玄殿等宏伟的建筑，花费的银两动辄百万之数。工部官员刘魁曾誓死劝谏皇帝，希望他能清醒过来，不要做那些荒诞不经的事情，免得百姓们怨气冲天。可惜嘉靖执迷不悟，还把刘魁打了一顿板子。
从嘉靖九年(1530)起，嘉靖皇帝就一直为自己的父亲进入宗庙一事绞尽脑汁。其中对明朝的郊庙大礼进行改革就是其中的一个策略。嘉靖想要通过这次改革，恢复周代的“古礼”，把原来天地合祀变为天地分祀，于是他耗费巨资在北京修建了天坛、地坛、日坛、月坛;又把原来的太庙由“同堂异室”改为“都宫之制”，这又是一个耗资巨大的工程。
嘉靖十三年(1534)，嘉靖因为需要建太庙而感到国库紧张，于是他拆东墙补西墙，开始挪用太仓银70万两，太仆寺银50万两。这还没有完结，三年后，他又借太仓银60万两建奉先殿等工程。令人震惊的是这些国家的专项资金，嘉靖用来毫不犹豫，而太仓银是供军国之用的，太仆寺银是专用于购买、饲养军马的。这些救国救民的银两竟然全部被用于一些无关紧要的事情上。
明朝中期以后，朝廷一直面临“南倭北虏”的危局，军事形势紧张，每年光军费就得花费500万两之多。然而当时的太仓收人每年才约400万两。财政赤字越来越大，这时嘉靖又开始实行一系列的敛财措施，增加浙江、南京周边府县田赋银120万两，北方府县与广西、贵州田赋银115万两，这一赋税的增加加重了百姓的负担。国家出售国子监生的资格，各地学校的生员因为考核不合格被辞退、降级的，也可拿钱恢复原来的资格。犯罪的官员可用钱财来赎罪，并买回原来的官职。这一系列措施可谓荒唐至极。
虽然在财政上一时渡过了危机，但百姓却遭殃了，他们在沉重的摇役赋税中苟延残喘。后来，嘉靖皇帝认识到了这一点，明白那些捐纳钱财的各级官员在恢复官职之后，会把失去的钱重新从百姓身上搜刮回来，更加导致官场的贪污腐败。虽然认清了事实，可嘉靖皇帝已无计可施，只好任凭事情发展。
海瑞直言上书时，嘉靖皇帝已经生命垂危，在这一年的年底病死了。他在位期间，政府所担负的巨大的财政危机，一直到万历年间张居正改革时期才得以缓解。
