拿破仑虽歼灭了麦克的主力，但如要达到其下一个目标占领维也纳，他还面临着许多不确定的因素。首先，他通往奥地利首都的进路为金迈尔军所阻遏。金迈尔有两万人，同时还得到俄罗斯名将米哈伊尔·库图佐夫三万俄军的增援。这些兵力正扼守着因河下游及其支流萨尔察赫河一线。在因河的后面还有多瑙河右岸的一系列支流，如特劳恩河、恩斯河和伊布斯河。这些河流给奥方提供了良好的防御阵地而且难以迂回。杰拉齐赫师的六千人自乌尔姆南逃后，已与蒂罗尔的奥军会合。由于法军继续东进，其交通线势必延长，因而也就会暴露在南面敌军的攻击之下。在威尼西亚由查理大公统率的一支强大的奥军眼下暂时为马塞纳的意大利军团所牵制。后者于1805年10月28日在维罗纳以东的卡尔蒂罗山脊向意大利军团发起攻击，激战中，双方各伤亡六千人。当查理大公听说麦克在乌尔姆惨败的消息后，立即北撤救援维也纳，但他已来不及阻止拿破仑的进军了。
第二支俄军由巴克斯霍夫登将军指挥正经由摩拉维亚前进，所以拿破仑当即决定立刻下手，必须抢在俄军和查理大公之前进入维也纳。此外，由于普鲁士的态度变得日益敌对，这就构成了威胁他的另一个危险。大军团在1805年10月26日即乌尔姆投降后一周开始东进。次日，缪拉的骑兵军仅遇轻微抵抗就渡过了因河，这样布劳瑙要塞连同其中储存的大批补给品和弹药都完好无损地落入法军之手。随缪拉跟进的是达武的第三军、苏尔特的第四军和拉纳的第五军。在右翼，贝尔纳多特的第一军于1805年10月30日进入萨尔茨堡，1805年10月31日，在兰姆巴赫展开一场后卫战后又渡过了特劳恩河。此时，天气变得十分寒冷，地面已为积雪所覆盖。1805年11月2日，俄军在恩斯河打了一场激烈的后卫战，但次日，库图佐夫却继续后撤。
1805年11月6日，拿破仑又组建了一个新军即第八军，由莫蒂埃元帅指挥，内含一个骑兵师和两个步兵师。该军奉命过河抵达林兹附近多瑙河左岸以构成一个左侧卫，内伊的第六军和马尔蒙的第二军已被派往因斯布鲁克和累欧本担任右侧卫，而奥热罗的第七军则在交通线上担任后卫。至此，拿破仑为一切不测事件都作好了准备。
库图佐夫见维也纳己陷入绝境，遂决定于1805年11月9日在冒顿渡过多瑙河，并向东北撤至摩拉维亚以便与此时已到达奥洛穆茨的第二支俄军会合。库图佐夫在冒顿摧毁多瑙河上的桥梁后，于1805年11月11日在杜恩斯坦峡谷伏击了莫蒂埃的一个师并几乎将其全歼。其后，他又在霍兰布隆附近打了一场艰苦的后卫战，然后经克雷姆斯撤至跨越摩拉维亚边界的兹诺伊莫。
此时，法军在多瑙河右岸的进军却势如破竹。1805年11月13日，缪拉的前卫抵达维也纳城郊。然而，这是违背拿破仑的命令的，因为他早就告诉缪拉应渡过多瑙河追击库图佐夫。他言词尖刻地训斥他的妹夫道：
我不能批准你的行军命令。你一个劲乱冲乱闯象个疯子，根本就不按我给你的命令办事。俄军并没有掩护维也纳，而是在克雷姆斯渡过了多瑙河。你既不了解敌人的计划又不考虑我的意图，就把我的军队困在维也纳一隅之地。但你是接到了我通过贝尔蒂埃给你下达的命令的，该命令要求你咬住俄军，紧追不舍。而你却莫名其妙地朝相反的方向实施强行军追击敌军。我感到你的行为简直不可思议。
……如果你按我的命令行事，那么莫蒂埃军也不至于暴露在俄军面前而受到严重的损失。……你为了获得首先进入维也纳的虚荣，竟耽误了我两天时间。荣誉仅在那些充满危险的地方才能赢得，进入一座毫无防御的都城有何荣誉可言?
1805年11月14日，拿破仑进入维也纳并将其大本营设在宏伟壮丽的肖恩布鲁恩宫。奥皇及其朝臣则逃到了摩拉维亚的首都布尔诺。一周后，奥皇与沙皇亚历山大一世在此会晤。维也纳有二十五万人口，因此，经过长途跋涉的法军可以在那里获得充裕的补给。拿破仑命令不必从法国国内输送枪炮弹药，因为他在奥地利军火库里已经找到了他所需要的一切。
拿破仑决定趁严冬未至和查理大公尚未从意大利前线赶回之机，毫不迟疑地深入摩拉维亚追歼逃敌。所以，他命令缪拉、拉纳和苏尔特三个军一鼓作气乘胜追击。达武被派往普雷斯堡抵御从东面来的危险。贝尔纳多特被派往布德维斯去监视西面的费迪南大公，而莫蒂埃则留守维也纳。在这些兵力调遣完毕后，大军团的实力明显地减弱了。
拿破仑看到他的元帅们劲头不足，心里十分焦躁。1805年11月15日，他斥责贝尔纳多特说：
朕对于你在拉纳和苏尔特元帅离维也纳只有两天行程的地方发生战斗时按兵不动以致一个人也没有渡过多瑙河深为不满。朕期望，待朕派去的参谋返回汇报时，你会告诉他说你全军都已过河，而且正在追击俄军并正在用刺刀戳他们的屁股。
同一天，缪拉又作了一件十分荒唐的事使拿破仑勃然大怒。缪拉的前卫受到巴格拉吉昂亲王师的牵制，该师当时在摩拉维亚边界以南十五英里的荷拉布仑附近据守一个后卫阵地，缪拉便自作聪明地向俄军指挥官提出休战，允许他安然无虞地撤入摩拉维亚，而自己则坐等法军步兵到来。俄军当然求之不得欣然同意，撤到了兹奈姆。这件事使拿破仑怒不可遏，他痛斥缪拉说：我简直不知道用什么话来表达我对你的恼怒。你仅是我的一名前卫指挥官，没有我的命令根本无权作出休战安排，你毁弃了我的胜利果实。命令你立即停止休战，向敌人进军。告诉那位在协定上签字的俄国将军说他无权这样做，只有沙皇才有这种权利。
此后，事态发展加快，库图佐夫已撤至布尔诺。1805年11月17日，拿破仑在兹南姆设大本营。次日，他收到了有关特拉法加大海战法军惨败的消息，他写信给海军部长说：
我已收到了你有关加的斯港外海战的报告。等收到你更详细的报告后我再就此事发表具体意见。同时，我郑重告诉你，这件事对我既定的海上突袭行动毫无影响。令人气愤的是这些行动未能在此事之前准备就绪，必须立刻行动，不得再行拖延。
1805年11月19日，俄军后卫撤出了布尔诺，缪拉随即进入，在那里发现了六十门火炮和大批弹药。次日，拿破仑进入布尔诺，而奥皇则撤至奥尔莫茨。在布尔诺以东十三英里处，有一个名叫奥斯特里茨的小村，约四千奥军骑兵在小村前面的高地上挡住了缪拉的去路。紧接着，拿破仑开始展现他做为最高军事指挥员那无与伦比的军事才能，那就是在1805年12月2日的奥斯特里茨战役。
奥皇此时已被逼到了最边远的国境线上，他派了两位全权使臣去谒见拿破仑，讨论议和条件。拿破仑却把他们送往维也纳，要他们去和塔列朗商淡，并声明其主要条件是把威尼斯并入意大利王国。把这些使节送回维也纳，只不过是拿破仑故意拖延的一个手段而己，因为他决心要在与奥地利议和之前，先彻底击败俄军。
