朱允炆和三位信任的大臣黄子澄、齐泰、方孝孺商议之后，认为不能任由藩王们自我膨胀，必须果断“削藩”，以免日后遭受不测之祸。这四人都是崇尚儒家思想和理想主义的正人君子，缺乏政治斗争和军事斗争的实践经验，对“削藩”的操作方向犯了错误。
他们先从“容易的目标”开始，一年之内把周王朱橚、代王朱桂、湘王朱柏、齐王朱榑、岷王朱楩一股脑削弱了，剥夺封地，废除王爵，唯独没有动实力最强的燕王朱棣。
或许朱允炆和他的大臣们想的是“先易后难”，或者是被朱棣装疯卖傻的表演所骗，认为他不足为虑。无论如何，朱棣得到了更多的准备时间。朱棣身边有道衍和尚(姚广孝)这样的高人，帮他谋划了起兵反叛的详细计划。
即便如此，朱棣起兵反叛仍然面临着巨大风险，他只有10万人马和燕京一地的后勤支援，而朝廷能调动的兵马有60多万，还有全国的财力物力支持，双方实力差距巨大。况且，无论朱棣如何自辩，他都是造反，舆论道义上都得不到支持。
然而，朱棣也有自己的优势，优势在于他多年的沙场历练，他内心强大而坚定，而且他有一个仁德尚礼、儒雅优柔寡断的对手：朱允炆。
面对朝廷的步步施压，朱棣在道衍和尚的劝说和鼓动下于1399年打着“清君侧，靖内难”的旗号，起兵反抗，挥师南下，史称“靖难之役”。在这场战争中，朱棣数次滑到了悬崖边上，但凭借顽强的毅力和对手的失误，他艰难地撑了下来，靠着侄子的这句“关照”，最终成功。
